Kerajaan Negeri-negeri Selat merasakan perlu membina rumah api di Pulau Batu Puteh pada 1847. Kapten James Horsburgh dari Scotland, British kemudiannya membina Rumah Api Horsburgh pada 1847-1851 selepas mendapat kebenaran daripada Sultan Johor pada 1844. [6] Seorang hidrografer Syarikat Hindia Timur Inggeris untuk melukis peta kedalaman kawasan perairan ini.

Perairan sekitar batuan ini pertama kali memiliki rekod pelayaran yang diterbitkan seawal 1953. Pelayar Belanda Johann van Linschoten kemudian merekodkan Pulau Batu Puteh sebagai "di mana kapal datang dan pergi ke dan dari China lalu dalam bahaya dan sebahagiannya meninggalkannya" ("where ships that come and go to and from China pass in great danger and some are left upon it"). Batuan ini mendapat nama semasa sekumpulan burung camar laut singgah di atasnya.[7]

Kesultanan Johor Darul Ta'zim

Rakyat Malaysia khususnya di negeri Johor Darul Ta'zim mendakwa bahawa Pulau Batu Puteh adalah sebahagian daripada jajahan takluk kesultanan DiRaja Johor bersandarkan kepada Perjanjian Inggeris-Belanda 17 Mac dan Perjanjian Crawfurd 2 Ogos, 1824 yang secara jelas menggariskan persempadanan kedaulatan Kesultanan DiRaja Johor yang masih digunapakai hingga ke hari ini.

Surat kebenaran yang telah diberikan oleh Temenggung dan Baginda Sultan Johor kepada pihak Inggeris di Singapura untuk membina Rumah Api Horsburgh pada 25 November 1844 juga membuktikan penguasaan dan kedaulatan Kesultanan DiRaja Johor di perairan tersebut. Mengikut surat kebenaran tersebut, pembinaan serta operasi rumah api telah dibenarkan 'berdekatan dengan Titik Romania' atau di mana-mana yang bersesuaian. [8]

Almarhum Baginda Sultan Iskandar ibni Almarhum Sultan Ismail ketika merasmikan pembukaan persidangan Dewan Undangan Negeri Johor pada 19 Jun, 2008 menegaskan bahawa pulau berkenaan bukan milik Singapura sebaliknya hak milik kerajaan Johor Darul Ta'zim. [9]

"Suka beta ingatkan bahawa beta tidak lupa pada Pulau Batu Puteh. Pulau Batu Puteh bukan hak Singapura tetapi hak milik Johor. Sampai bila pun beta akan cari ikhtiar untuk mendapatkan semula pulau milik Johor itu," titah baginda.

Kes pelanggaran kapal

Batuan ini dianggap mempunyai risiko bahaya kepada kapal layar yang melaluinya. Sebagai contoh, antara 1824 dan 1851, terdapat sekurang-kurangnya 25 kemalangan kapal yang melibatkan pelanggaran batu ini. Antara 2000 dan 2004 terdapat dua laporan mengenai kemalangan kapal.

Pada 4 Januari 2003, sebuah kapal perang Tentera Laut Singapura, RSS Courageous telah berlanggar dengan kapal dagang Belanda, ANL Indonesia sepanjang 293.5 m berhampiran pulau ini di perairan Selat Tebrau, Johor Darul Ta'zim. [10] Tiada kecederaan dilaporkan di pihak kapal dagang tersebut yang hanya mengalami kerosakan ringan.[11] Namun tiga krew kapal perang Tentera Laut Singapura telah terkorban, lapan tercedera dan seorang krewnya hilang. Krew kapal tentera laut Singapura tersebut dipertanggungjawabkan ke atas kecuaian serta kemalangan yang telah berlaku. [12] [13]